Eiropas Teritoriālās sadarbības iniciatīvas mērķis ir stiprināt pārrobežu sadarbību ar kopīgu vietēju un reģionālu ierosmju palīdzību, ar starpvalstu sadarbību, kas veicina integrētu teritoriālu attīstību saistībā ar Kopienas prioritātēm, kā arī ar starpreģionu sadarbību un pieredzes apmaiņu attiecīgajā teritoriālajā līmenī. Eiropas Teritoriālās sadarbības programmu partnervalstis ir ES dalībvalstis un valstis ārpus Eiropas Savienības teritorijas, kuru reģioni ir iekļauti kā attiecināmā teritorija attiecīgajā Eiropas Teritoriālās sadarbības programmā.
Eiropas Teritoriālās sadarbības programmas tiek finansētas no Eiropas Reģionālās attīstības fonda (ERAF) līdzekļiem un Eiropas Kaimiņattiecību un partnerības instrumenta (EKPI) līdzekļiem.
Saskaņā ar Ministru kabineta2007. gada 9. maija rīkojumu Nr.256 ”Par uzdevumiem Eiropas Savienības struktūrfondu 3.mērķa "Eiropas teritoriālā sadarbība" vadības, uzraudzības un kontroles sistēmas ieviešanā” Reģionālās attīstības un pašvaldību lietu ministrija ir nacionālā atbildīgā iestāde 3.mērķa "Eiropas teritoriālā sadarbība" programmu politikas izstrādē un koordinēšanā atbilstoši 3.mērķa "Eiropas teritoriālā sadarbība" programmām.
Izglītības un zinātnes ministrija piedalās Eiropas Teritoriālās sadarbības programmu nacionālajās apakškomitejās, sniedz atzinumus par programmu ietvaros iesniegto Latvijas partneru projektu iesniegumu atbilstību valsts politikas plānošanas dokumentiem citām Eiropas Teritoriālās sadarbības programmu vadībā iesaistītajām institūcijām un nodrošina finanšu plānošanu valsts budžetā Latvijas partnerim, kas ir Izglītības un zinātnes ministrijas padotībā.
ES struktūrfondu 3. mērķa „Eiropas teritoriālā sadarbība” ieviešanai Latvijā 2007.-2013.gadam ir šādas Eiropas teritoriālās sadarbības programmas:
1. Igaunijas-Latvijas programma pārrobežu sadarbības programma
2. Latvijas-Lietuvas pārrobežu sadarbības programma
3. Centrālā Baltijas jūras reģiona pārrobežu sadarbības programma
4. Igaunijas-Latvijas-Krievijas pārrobežu sadarbības programma EKPI ietvaros
5. Latvijas-Lietuvas-Baltkrievijas pārrobežu sadarbības programma EKPI ietvaros
6. Baltijas jūras reģiona transnacionālās sadarbības programma ar integrētiem EKPI elementiem
7. Starpreģionu sadarbības programma INTERREG IVC
8. Pilsētvides attīstības programma URBACT II
