Valsts pētījumu programmas ir valsts pasūtījums zinātnisku pētījumu veikšanai noteiktos valstij prioritāros zinātnes virzienos ar mērķi veicināt šo nozaru attīstību un sekmēt lietišķos pētījumus tajās. 2005. un 2006.g. tika uzsākta deviņu valsts pētījumu programmu īstenošana šādos prioritārajos zinātnes virzienos: agrobiotehnoloģija, informātika, biomedicīna un farmācija, enerģētika, Letonika, materiālzinātnes, meža zinātne, medicīnas zinātne un vides zinātne.
Valsts pētījumu programmas:
- „Informācijas tehnoloģiju zinātniskā bāze”
- „Inovatīvas tehnoloģijas augstvērtīgu, drošu un veselīgu pārtikas produktu ieguvei no ģenētiski, fizioloģiski un bioķīmiski daudzveidīga augu un dzīvnieku izejmateriāla”
- „Jaunas zāles un biokorekcijas līdzekļi: konstruēšana, transportformas un darbības mehānisms”
- „Klimata maiņas ietekme uz Latvijas ūdeņu vidi”
- „Lapu koku audzēšanas un racionālas izmantošanas pamatojums, jauni produkti un tehnoloģijas”
- „Latvijas iedzīvotāju dzīvildzi un dzīves kvalitāti apdraudošo galveno patoloģiju zinātniska izpēte ar multidisciplināra pētnieciskā konsorcija palīdzību”
- „Letonika: pētījumi par vēsturi, valodu un kultūru”
- „Modernu funkcionālu materiālu mikroelektronikai, nanoelektronikai, fotonikai, biomedicīnai un konstruktīvo kompozītu, kā arī atbilstošu tehnoloģiju izstrāde”
- „Modernu metožu un tehnoloģiju izpēte un izstrāde enerģētikā: videi draudzīgiem atjaunojamās enerģijas veidiem, enerģijas piegādes drošībai un enerģijas efektīvai izmantošanai”









